دانلود فایل تحقیق : پایان نامه ارشد رشته زیست شناسی :طراحی، انالیز بیوانفورماتیکی، همسانه سازی و بیان مولتی توپ انتی ژن

با عنوان :  طراحی، انالیز بیوانفورماتیکی، همسانه سازی و اظهار مولتی توپ انتی ژن

در ادامه مطلب می توانید تکه هایی از ابتدای این پایان نامه را بخوانید

و در صورت نیاز به متن کامل آن می توانید از لینک پرداخت و دانلود آنی برای خرید این پایان نامه اقدام نمائید.

دانشگاه ازاد اسلامی

واحد دامغان

دانشکده علوم پایه

رساله برای دریافت درجه کارشناسی ارشد در رشته بیوتکنولوژی

گرایش میکروبی

عنوان

طراحی، انالیز بیوانفورماتیکی، همسانه سازی و اظهار مولتی توپ انتی ژن اختصاصی کارسینومای سلول های سنگفرشی مری

استاد راهنما

دکتر محمد مهدی فرقانی فرد

 استاد مشاور

دکتر محمدرضا عباس زادگان

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده درج نمی گردد

تکه هایی از متن به عنوان نمونه : (ممکن می باشد هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود اما در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل می باشد)

چکیده

مقدمه

سرطان مری به عنوان ششمین سرطان شایع و عامل مرگ و میر بر اثر سرطان در بین افراد می باشد. با وجود روش های درمانی موجود مانند جراحی، رادیوتراپی و شیمی درمانی، میزان بقاء پنج ساله بیماران در حدود %10 تا %13 می باشد. فقدان علایم زودرس اولیه موجب می گردد که در زمان تشخیص، بیماری در مراحل پیشرفته باشد. کارسینوم سلول های سنگفرشی مری یکی از دو نوع سرطان مری می باشد که بیشتر در مردان و افراد بالای 50 سال سن دیده می گردد. اظهار مولکول چسبندگی سلول های اپی تلیالی یا EpCAM در انواع سرطان های گوارش به خصوص سرطان مری افزایش می یابد. هم چنین در مراحل مختلف سرطانی شدن، با پیشرفت بیماری، اظهار ان بیشتر می گردد. از این جهت می توان از ان به عنوان مارکری مناسب جهت درمان سرطان بهره گیری نمود. در این مطالعه ما بر ان شدیم که با بهره گیری از دو اپی توپ ایمیونوژن پروتئین EpCAM و اتصال انها به کمک لینکری مناسب، یک مولتی توپ کایمریک ایمیونوژن ایجاد و زمینه را برای بهره گیری از ان جهت تولید واکسن و یا کیت تشخیصی سرطان مری فراهم کنیم.

روش کار

در این مطالعه آغاز اپی توپ های مورد نظر به کمک بانک های اطلاعاتی ژنی انتخاب شدند. سازه ی نو ترکیب طراحی گردید. سپس با انالیز های بیو انفورماتیکی و کامپیوتری، خواص مهم مثل پایداری، انرژی، فولدینگ مناسب، ایمنی زایی و … ، که در سنتز این مولتی توپ مهم هستند را مورد مطالعه قرار دادیم. ژن طراحی شده به روش شیمیایی سنتز گردید و سپس با بهره گیری از فرایند کلونینگ، قطعه ژنی سنتز شده را به کمک پلاسمید بیانی pet-28a درون سیستم پروکاریوتی انتقال داده و تکثیر کردیم. در انتها نیز اظهار مولتی توپ کایمریک طراحی شده را در باکتری های نو ترکیب با القاگر مناسب القا کرده و وجود پروتئین مورد نظر را به کمک تکنیک SDS-page مورد مطالعه قرار دادیم.

بحث و نتیجه گیری

مولتی توپ کایمر طراحی شده دارای پایداری و انرژی مناسبی بوده و می تواند به مانند اپی توپ های پروتئین اصلی خاصیت ایمنی زائی داشته باشد. این قطعه ژنی توانایی کلون شدن در میزبان پروکاریوتی را دارا بوده و باکتری قادر می باشد به کمک القاگر مناسب به میزان فراوانی پروتئین کایمریک مورد نظر را تولید کند. از این جهت می توان از این پروتئین نوترکیب برای تهیه کیت تشخیصی سرطان مری به واسطه تکنیک الایزا بهره گیری برد. همچنین می توان با تزریق این پروتئین نوترکیب به عنوان واکسن، سیستم ایمنی فرد را جهت پیش گیری از ابتلا به سرطان تقویت نمود.

واژه های کلیدی: سرطان مری، EpCAM، مولتی توپ کایمر، کلونینگ

1-1 سرطان مری

سرطان مری[1] با نزدیک به 000/400 مورد منجر به مرگ در سال، ششمین عامل مرگ ومیر ناشی از سرطان در جهان می باشد. میزان مرگ ومیر ناشی از سرطان مری در سال، از حدود 3 در105 نفر در سفید پوستان ایالات متحده آمریکا تا بیش از 100 در 105 نفردر بعضی از نواحی کشور چین متغیر می باشد. این سرطان به انواع گوناگونی تقسیم میشود که دو نوع کارسینوم سلول های سنگفرشی مری[2](ESCC) و آدنوکارسینوم مری[3] (EAC) آن بسیار رایج می باشد. (کمانگر و همکاران، 2007) اگر چه عامل های خطر و اپیدمیولوژی ESCC  و EAC با هم متفاوت اند ، اما پیش آگاهی هر دو بسیار ضعیف می باشد به نحوی که بقای پنج ساله بیماران ، 10 تا 13 درصد گزارش شده می باشد. (سمپلینر و همکاران، 2009)[4]

در مورد تاریخچه ی بیماری، تا سال 1970 بیش از 90% سرطان مری از نوع سنگفرشی و نوع ادنوکارسینومایی تقریبا نادر بوده و از این زمان به بعد نوع ادنوکارسینومایی رشد یکنواختی را شاهد بوده می باشد. مطالعات ایپدمیولوژی گسترده ای در کشورهای مختلف در زمینه عامل های خطر، بروز وشیوع انجام گرفته می باشد . در مطالعات انجام گرفته در زمینه ی بروز EAC در ایالات متحده آمریکا ، مشخص شده می باشد که در سال 2000 سرعت افزایش بروز آن نسبت به سایر سرطان ها پیشی گرفته می باشد و رشدی بین 3 تا 5 برابر در نژادهای مختلف در فاصله ی زمانی بین سال های 1975 تا 2004 گزارش شده می باشد. (دمیستر، 2009)[5] در سال 2009 در ایالات متحده آمریکا ، EAC  دو سوم موارد سرطان مری را به خود اختصاص داده می باشد. (ژو، 2009)[6] این درحالی می باشد که در کشورهای شرق آسیا و آسیای مرکزی مانند ایران ، ESCC رایج تر می باشد. (دمیستر، 2009) مطالعات انجام شده در ایران نشان دهنده میزان بالای خطر ابتلا به سرطان مری در نواحی ساحلی دریای خزر بویژه در استان گلستان می باشد. (کمانگر و همکاران، 2007) هم چنین مطالعات سال 2008 که در استان کرمان انجام گرفته می باشد اظهار گر افزایش 11 درصدی خطر ابتلا به EAC  در سال می باشد ، در حالی که خطر ابتلا به ESCC  کم و بیش ثابت بوده می باشد. (حق دوست و همکاران، 2008) در شکل 1-1، براورد حاصل از میزان شیوع و مرگ و میر ناشی از سرطان مری در جهان در سال 2004، نشان داده شده می باشد.

شکل1-1. میزان مرگ و میر ناشی از سرطان مری در سال 2004. داده ها در مقیاس هر 100.000 نفر محاسبه شده اند. (سازمان بهداشت جهانی، 2009)[7]

1-1-1 تعیین مرحله بیماری

تشخیص مرحله بیماری یکی از مهم ترین مواردی می باشد که در چگونگی درمان و وضعیت بالینی تاثیر دارد. تعیین مرحله ی بیماری، کوششی دقیق جهت اطلاع از توسعه و پیشرفت سرطان و این که سرطان به چه قسمت هایی از بدن بیمار پیشرفت کرده می باشد، می باشد. هم چنین به پزشک کمک می کند تا برنامه ی درمانی را طراحی نماید.

چهار مرحله بیماری عبارت می باشد از :

مرحله ی I : سرطان تنها محدود به لایه های بالایی سلول های مخاط مری می باشد.

مرحله ی II : سرطان لایه های عمیق تر مخاط مری را در بر گرفته یا به عقده های لنفاوی مجاور مری انتشار پیدا کرده می باشد. در این مرحله، سرطان به دیگر قسمت های بدن انتشار نمی یابد.

مرحله ی III : سرطان بصورت عمیق داخل دیواره ی مری را مورد تهاجم قرار داده می باشد و به بافت ها یا عقده های لنفاوی مجاور مری انتشار پیدا نموده می باشد. سرطان هنوز به دیگر قسمت های بدن انتشار پیدا نکرده می باشد.

مرحله ی IV : سرطان به سایر قسمت های بدن انتشار یافته می باشد. سرطان مری تقریبا در هر قسمتی از بدن بیمار مانند کبد، ریه ها، مغز و استخوان ها می تواند انتشار یابد. (فرقانی فرد، 2010)

1-1-2 عوامل خطر زا در ابتلا به سرطان مری

شما می توانید مطالب مشابه این مطلب را با جستجو در همین سایت بخوانید 
                   

این سرطان مانند دیگر سرطان ها حاصل مجموعه ای از عوامل محیطی و تغییرات ژنتیکی می باشد . عامل های خطر در EAC و ESCC با هم متفاوت می باشد ، به عنوان مثال عامل های محیطی و رژیم غذایی به شدت با ESCC در ارتباط هستند اما رفلاکس ( جریان برگشتی )، معدی- مروی[8] مکرر و واکنش های التهابی پس از آن تأثیر بسیار مهمی در ابتلا به EAC دارد . (ژو، 2009) دود تنباکو ، مصرف الکل ، سوء تغذیه ، کمبود سلنیوم ، کمبودی روی را می توان از عوامل محیطی مهم موثر نام برد. (کمانگر و همکاران، 2007) طبق مطالعات انجام شده توقف مصرف الکل و تنباکو خطر ابتلا به این سرطان را بسیار کاهش می دهد. (جاب و همکاران، 2009)[9] به نظر می رسد که ESCC همراه با ویروس پاپیلومای انسانی [10] (HPV ) معمولا در کشورهایی که خطر بالاتری برای ESCC دارنده رایج تر می باشد . HPV ویروسی می باشد که علت اصلی سرطان گردن رحم به شمار می رود. مطالعات انجام شده در سال 2002 نشان داده می باشد که DNA این ویروس در 2/15 درصد ESCC ها هست . ( حسین[11] و همکاران، 2009 : هررا [12]و همکاران، 2009)

1-1-3 تغییرات مولکولی در سرطان مری

در ایجاد سرطان، عوامل مولکولی و ژنتیکی نیز می توانند دخیل باشند که در مورد سرطان مری این عوامل می تواند با در نظر داشتن نوع ان متفاوت باشد :

1-1-3-1 تغییرات مولکولی در EAC

رفلاکس معدی – مروی مزمن به عنوان مهم ترین عامل تاثیرگذار در ایجاد EAC در نظر گرفته می گردد . افزایش خطاهای کروموزومی ، تغییرات ژنتیکی ویژه و ناهنجاری های اپی ژنتیکی ژن های سرکوب گر تومور ، مشخص کننده این بدخیمی می باشد . تغییرات دیگر شامل افزایش فعالیت تلومراز و تغییرات اپی ژنتیکی مانند متیله شدن مضاعف از دیگر عوامل مولکولی در EAC هستند . (جاب و همکاران، 2009)

1-1-3-2 تغییرات مولکولی در ESCC

بر خلاف آدنوکارسینوم مری ، عامل های خطر و سازوکارهای متفاوت مولکولی در ایجاد ESCC تأثیر دارند. (جاب و همکاران، 2009) نمونه های مرسوم ژن های سرکوب گر تومور شامل Rb و P53 می باشد که مطالعات ، تأثیر جهش در این دو ژن را در مراحل آغازین ESCC نشان داده می باشد . از دیگر عوامل، جهش در ژن BCL-2 که تأثیر ضد آپوپتوزی دارد، می توان نام برد. (جاب و همکاران، 2009 ; نوری دلوئی و یعقوبی، 1999) یکی از عامل های تاثیر گذار روی عملکرد ژن های سرکوب کننده تومور، ریزماهواره ها[13] هستند . تغییرات در این ریزماهواره ها می تواند سلول های طبیعی را به سلول های نامیرا و نئوبلاستی تبدیل کند . بعضی از جایگاه های ریزماهواره ها و جایگاه های ژن های سرکوب کننده تومور در نزدیکی هم قرار گرفته اند که به نام نقاط داغ معروف هستند و در غیر فعال کردن ژن های سرکوب کننده تومور تأثیر دارند. (نوری دلوئی، 2009 ; ان[14] و همکاران، 2005) از دیگر عوامل می توان به تغییرات اپی ژنتیکی به ویژه متیله شدن بازهای ناحیه ی پروموتر ژن تصریح نمود که موجب غیر فعال شدن ژن های سرکوب کننده تومور و تنظیم چرخه ی سلولی می گردد . (نوری دلوئی و شریفی، 2001) مطالعات مولکولی سرطان مری، ناهنجاری های ژنتیکی مانند دگرگونی در اظهار ژن های p53 ،p16 ، سیکلین D1 ، E-Cadherin   ، C-myc و … را در EAC و ESCC نشان داده می باشد . در بسیاری از موارد دگرگونی های ژنتیکی معینی به گونه مشترک در EAC و ESCC نظاره شده می باشد . اما در بعضی از موارد اظهار مکرر و نابه جای ژن ها در یکی از انواع سرطان مری بیش از نوع دیگر ذکر گردیده می باشد . اظهار ژن های تغییر یافته اغلب با عامل های خطر سرطان مری ارتباط نزدیکی دارند. ( اکا[15] و همکاران، 2009 ; اینگراوالو[16] و همکاران، 2009)

1-1-4 درمان های رایج سرطان مری

درمان وقتی ارزشمند می باشد که در مراحل اولیه بیماری باشد زیرا کمتر از 20 درصد بیماران بعد از 5 سال زنده می مانند. با اینکه پیش اگاهی سرطان مری در سه دهه اخیر به شکل ارامی بهبود یافته می باشد اما هنوز میزان بقای 5 ساله بیماران بسیار پایین می باشد. علت های مختلفی را می توان مسبب ان دانست:

– عدم کفایت روش های غربال گری بیماران

– شناسایی سرطان در مرحله پیشرفته، به طوری که نیمی از بیماران در مرحله ی غیر قابل جراحی و متاستاز قرار دارند.

شما می توانید تکه های دیگری از این مطلب را در شماره بندی انتهای صفحه بخوانید              

– ریسک بالای عود بیماری بعد از جراحی و شیمی درمانی

– عدم دسترسی به یک روش غیر تهاجمی قابل اطمینان

– بقاء محدود در مورد بیماران غیر قابل جراحی و متاستاتیک شیمی درمانی شده به عنوان درمان تسکینی

درمان سرطان مری بستگی به عواملی از قبیل اندازه، موقعیت و وسعت تومور و سلامتی عمومی بیمار دارد. بیماران اغلب توسط گروهی از پزشکان متخصص شامل متخصصین گوارش، انکولوژیست بالینی و انکولوژیست رادیوتراپی درمان می شوند. درمان سرطان، باعث تحریک دهان شده و خطر عفونت دهان را افزایش می دهد، لذا پزشکان اغلب به مبتلایان سرطان مری توصیه می کنند جهت معاینه ی دندان و درمان بیماری های ان، قبل از شروع درمان، به دندانپزشک مراجعه کنند.

درمان های متفاوت و ترکیب های درمانی متعددی برای کنترل سرطان و یا بهبود کیفیت زندگی بیماران از طریق کاهش علایم و نشانه ها مورد بهره گیری قرار می گیرد.

1-1-4-1 جراحی

شایع ترین درمان سرطان مری، جراحی می باشد. معمولا جراح کل تومور یا قسمتی از مری و عقده های لنفاوی مجاور تومور و سایر بافت های ناحیه را بر میدارد. اقدام برداشتن مری ازوفاگوستومی نام دارد. جراح قسمت های سالم باقی مانده مری را به معده وصل می کند. بنابر این بیمار باز هم قادر به اقدام بلع می باشد. گاهی نیز از لوله های پلاستیکی یا بخشی از روده، جهت ارتباط بین مری و معده بهره گیری می گردد. همچنین ممکن می باشد جراح، مجرای بین معده و روده ی باریک را پهن تر کند تا محتویات معده اسان تر به درون روده ی باریک وارد گردد. جراحی تمام تومور تنها در 40 درصد بیماران امکان پذیر می باشد و ممکن می باشد سلول های توموری در حاشیه ناحیه ی تومور باقی بمانند. گاهی اوقات اقدام جراحی بعد از اتمام سایر درمان ها انجام می گیرد.

1-1-4-2 رادیوتراپی

رادیوتراپی بهره گیری از اشعه ی ایکس جهت از بین بردن سلول های توموری می باشد. رادیوتراپی فقط روی سلول های توموری تحت درمان موثر واقع می گردد. پرتو ممکن می باشد از دستگاهی در خارج از بدن (رادیوتراپی خارجی) و یا از مواد رادیواکتیوی که درون یا مجاور تومور قرار داده می شوند، خارج گردد (رادیوتراپی داخلی). لوله ی پلاستیکی به درون مری وارد می گردد تا در هنگام رادیوتراپی مری باز نگه داشته گردد. رادیوتراپی ، بیمار را از عوارض جراحی مصون نگه می دارد مخصوصا اگر اندازه یا موقعیت تومور اقدام جراحی را مشکل افرین نماید، اما غالبا اثر کمتری بر نشانه های انسدادی پیشرفت سرطان دارد و فقط می توان آن را به عنوان راه درمانی اولیه و سریع در نظر گرفت. رادیوتراپی می تواند به تنهایی یا همراه با شیمی درمانی به کار گرفته گردد. پزشکان از رادیوتراپی به همراه شیمی درمانی برای کوچک کردن اندازه تومور قبل از جراحی بهره گیری می کنند. حتی اگر تومور را نتوان به وسیله ی جراحی خارج نمود و یا توسط رادیوتراپی بطور کامل از بین برد، رادیوتراپی اغلب به تسکین درد کمک کرده وعمل بلع را راحت تر می سازد.

تعداد صفحه :87

قیمت : چهارده هزار و هفتصد تومان

***

—-

پشتیبانی سایت :        ———-        serderehi@gmail.com